Dans la plupart des régions, la maison néolithique a été construite en bois et torchis. Au Néolithique ancien danubien, les maisons sont rectangulaires, de 45 m de long pour les plus grandes, probablement collectives, et ont un intérieur divisé par des rangées de trois poteaux destinés à soutenir le toit.
Au Néolithique moyen, l'habitat se diversifie en fonction des régions. De grands bâtiments sont encore connus dans l'est de la France (Mairy, Ardennes), mais des maisons de dimensions restreintes (10 m de long), sans doute plus familiales, font leur apparition ailleurs en France (Clairvaux, Blagnat). Au Néolithique final, on voit réapparaître des maisons très longues sur la façade atlantique (Douchapt, Dordogne) et le nord-ouest de la France (Houplin-Ancoisne, Nord). D'autres modes de construction existent au Néolithique final dans le sud de la France, en particulier l'utilisation de la pierre sèche ou encore celle de la terre crue (site de Maugio, Hérault). Si les premiers villages néolithiques sont ouverts, on voit se développer, dès la moitié du Ve millénaire, des enceintes fossoyées ou palissadées qui ceinturent les habitats, et les points culminants, facilement défendables, sont largement investis.