L'inhumation du corps dans son intégrité est le rituel funéraire néolithique par excellence, mais une grande variabilité est observée dans les modes de dépôt des défunts. Dans les cultures de tradition danubienne, les morts sont enterrés en pleine terre, généralement en position fœtale et sont dispersés au sein de l'habitat ou regroupés dans des petites nécropoles. Le dépôt des corps dans des coffres en bois ou en pierre, parfois recouverts d'un tertre en terre ou en pierre, traduit des changements importants dès le début du Néolithique moyen, vers 4800 avant notre ère. La monumentalité de certaines sépultures indique probablement l'existence d'inégalités sociales dès cette période.
Si l'inhumation est principalement individuelle et définitive durant cette période, le Néolithique récent et final se caractérise par le développement des sépultures collectives ou « allées couvertes » composées de grandes dalles de pierre posées sur chant et couvertes déterminant des espaces de quelques dizaines de mètres carrés pouvant contenir plusieurs centaines d'individus qui y sont déposés au fur et à mesure de leur décès. Le mobilier funéraire retrouvé en contexte sépulcral est très riche, souvent sélectionné voire réservé à cet effet (poteries, haches polies, parures, outils en os et parfois offrandes animales).