À la fin du Moyen Âge, en milieu rural comme en milieu urbain, les tombes sont regroupées contre les églises. Dans la topographie urbaine, le cimetière se confond même avec les dépendances de l'église et déborde parfois sur les espaces publics. Dans cet espace restreint, il y a par conséquent un constant remue-ménage des ossements. Aussi, au XVIII^e siècle, l'idée d'insalubrité des cimetières se diffuse. Elle finira par provoquer, à la suite de l'arrêt du parlement de Paris en 1763, le déplacement des cimetières hors des villes. Dans les campagnes, pour les mêmes raisons, de nouveaux cimetières sont créés à la sortie des villages. Les cimetières attenants aux églises sont fermés, les sépultures transférées et les marques de surface retirées. En revanche, les personnes les plus importantes des communautés paroissiales obtiennent le privilège, pendant tout le XVIII^e siècle, d'être inhumées à l'intérieur des églises.

La Révolution française apporte les premiers développements d'un culte des morts pour la patrie, qui prendra toute son ampleur avec la Première Guerre mondiale. Entre-temps, le 12 juin 1804, un décret fixe quasiment jusqu'à nos jours la réglementation des cimetières et funérailles. Il est désormais interdit d'enterrer dans les églises et dans les villes à moins de quarante mètres des limites urbaines. Le principe selon lequel les corps ne seront plus jamais superposés, mais juxtaposés, est fixé, y compris pour les sépultures des plus pauvres qui doivent être séparées les unes des autres. L'utilisation du cercueil est obligatoire et l'inhumation dans de simples bières n'est plus possible.

Comme pour le Moyen Âge, l'anthropologie funéraire, en étudiant presque exhaustivement certains cimetières et intérieurs d'églises, permet de connaître, dans la durée et selon les lieux l'évolution des pratiques funéraires, l'état et les pathologies des populations. Des sépultures encore plus récentes, telles les inhumations de guerre de la période napoléonienne ou celles du premier conflit mondial, peuvent être abordées et documentées de la même manière.