Après l'éradication du Catharisme au 13^e siècle par la Couronne de France et l'Église, à la fin du Moyen Âge, le catholicisme est l'unique religion de France, les derniers juifs ayant été expulsés du royaume par Charles VI en 1334. Cependant, au début du XVI^e siècle, de nombreux Français des classes aisées se rallient à la religion protestante. La situation dégénère en 1559 au moment de la mort tragique du roi de France Henri II. De 1561 à 1598 ont lieu les guerres de Religions : une alternance de massacres et de trêves. Les hostilités cessent le 30 avril 1598 avec la promulgation de l'édit de Nantes par Henri IV, qui consacre la liberté de culte pour les protestants. Mais l'édit de Nantes est révoqué par Louis XIV en 1685 et marque le début d'une ère de persécution pour les huguenots, qui, nombreux, quittent le Royaume pour les pays du Nord ou la Suisse.

La Révolution française marque à la fois la remise en cause du rôle prépondérant de l'Église dans la société et la reconnaissance des droits individuels des citoyens de toute religion. Comme ceux des nobles ayant émigré, les biens de l'église catholique furent confisqués et vendus comme biens nationaux. En 1801, Napoléon Bonaparte établit un Concordat avec le Saint-Siège, qui règle les rapports entre l'État et l'Église. L'État s'engage à subventionner le catholicisme, reconnu comme la religion de la majorité des Français.
 
Le XIX^e siècle voit se développer progressivement une opposition croissante de groupes anticléricaux défavorables à l'influence de l'église catholique sur la politique et l'éducation. La troisième République, qui débute en 1870, fut à l'origine d'une série de réformes limitant l'influence de l'église catholique. Le 9 décembre 1905, la loi concernant la séparation de l'Église et de l'État est votée. Cette loi s'applique aux quatre confessions représentées en France : les catholiques, les protestants luthériens, les protestants calvinistes et les juifs. Elle proclame la liberté de conscience et garantit le libre exercice des cultes. Les biens détenus précédemment par les Églises deviennent la propriété de l'État, mais celui-ci se réserve le droit de les confier gratuitement aux représentants des églises en vue de l'exercice du culte.

Les interventions archéologiques permettent notamment d'appréhender les changements de fonction de ces édifices religieux vendus comme biens nationaux à la révolution.