La plus ancienne mention d’épave découverte dans Marseille date de 1864 et correspond à celle d’un navire de commerce romain des II^e-III^e siècles. Cette « galère de César », qui a été partiellement prélevée, est actuellement exposée au musée des Docks. 

Depuis cette date, les découvertes d’épaves se sont multipliées, essentiellement concentrées sur la rive nord de la calanque, à l’emplacement du centre névralgique du port antique. 

En 1974, la fouille de la Bourse a extrait des sédiments les vestiges d’un navire marchand du III^e siècle de notre ère. Conservés par lyophilisation, ceux-ci sont actuellement visibles au musée d’Histoire de Marseille. 

Mais c’est surtout place Jules-Verne , en 1993, que les découvertes d’épaves ou de fragments de coques ont été les plus nombreuses et intéressantes. Parmi celles-ci, deux navires du milieu du VI^e siècle avant notre ère (Jules-Verne 7 et 9, également prélevés, traités et exposés au musée d’Histoire)témoignent des techniques d’architecture navale utilisées durant la période grecque archaïque. Datés des I^er et IIe siècles de notre ère, trois des cinq navires romains mis au jour étaient des bateaux de service préposés à l’entretien du plan d’eau : un mécanisme installé au centre de l’embarcation permettait le curage des vases déposées au fond du port. La partie supérieure de la proue d’une petite barque romaine du III^e siècle (Jules-Verne 8) a été exhumée dans un état de conservation exceptionnel. Enfin l’épave Jules-Verne 1-2, ainsi nommée parce qu’elle a été retrouvée coupée en deux, était celle d’un navire de charge du IV^e siècle. 

Sur la place Villeneuve-Bargemon  toute proche, une épave grecque a également été fouillée en 1997 ; elle avait été construite selon une technique mixte, similaire à celle utilisée dans le bateau Jules-Verne 7.

Deux navires d’époque grecque archaïque ont été retrouvés côte à côte, abandonnés dans les vases marines d’époque grecque, sous l’actuelle place Jules-Verne. Ils avaient dû naviguer depuis la fondation de la cité puis, devenus trop vétustes, être désarmés et coulés vers -545, à une trentaine de mètres du rivage d’alors.

Ils présentent les mêmes grandes caractéristiques architecturales : les bateaux ont été construits « sur bordé », selon une technique antique en usage à Phocée et dans sa colonie massaliète ; la coque était assemblée en premier, puis rigidifiée par l’armature interne. Toutefois ce sont leurs différences qui apportent de précieuses informations sur l’évolution de la construction navale au cours de la seconde moitié du VIe siècle avant notre ère.

L’épave Jules-Verne 9, la plus petite des deux, était conservée sur 5 m de long et 1,50 m de large. Elle était celle d’une barque côtière d’une dizaine de mètres, aux formes élancées, propulsée à la rame et grâce à une petite voile auxiliaire, qui avait servi à la pêche au corail. Toutes ses parties étaient assemblées par des ligatures végétales en lin.

L’épave Jules-Verne 7, conservée quant à elle sur 14 m de long et presque 4 m de large, appartenait à un petit caboteur de commerce d’une quinzaine de mètres, équipé d’une voile carrée et pouvant supporter une charge d’une douzaine de tonnes. Les éléments de sa coque avaient été ajustés au moyen de tenons chevillés dans des mortaises, tandis que l’armature interne était cloutée ou chevillée. Les ligatures n’étaient utilisées que pour l’assemblage des extrémités de la coque et les réparations.

Probablement d’origine phénicienne, la technique des tenons et mortaises appliquée à la construction navale a engendré une nouvelle génération de navires, plus grands et plus solides, qui ont contribué à l’expansion commerciale de Marseille à l’époque grecque.

Les fouilles menées dans le quartier de l’actuel Hôtel de ville ont révélé des structures artisanales liées à la construction ou à la réparation des bateaux. Ainsi, place Villeneuve-Bargemon et sur le site de l’espace Bargemon, aux V^e et IV^e siècles avant notre ère, plusieurs pièces de bois dégrossies ou déjà taillées avaient été mises à tremper dans des fosses en attendant leur utilisation dans la charpenterie navale.

L’enlèvement des vases marines d’époque romaine a également permis de découvrir près d’un millier d’objets en bois, miraculeusement préservés par ce milieu humide et sans oxygène. Ces outils et éléments d’accastillage (minahouets, épissoirs, cabillots, poulies…) constituent une collection unique d’objets rarement retrouvés en fouille. La variété des essences utilisées – buis, chêne vert, olivier, pin ou hêtre – reflète la recherche des qualités mécaniques des différents bois, mais également et de façon plus opportuniste, les facilités d’approvisionnement.

Dans ce même secteur, des cales de halage permettaient de tirer les navires sur la grève soit pour leur entretien, soit pour les mettre à l’abri, en période hivernale, lorsque la mer était trop mauvaise. Les cales étaient constituées de poutres fixes et de rouleaux mobiles en bois posés sur le sédiment argileux des plages. Les installations dévolues aux petites embarcations sur la fouille de la place Jules-Verne, voisinaient avec les vastes hangars du port de guerre hellénistique, en partie reconnus sur les sites de la place et de l’espace Villeneuve-Bargemon. Ces vastes neoria, en usage aux IIIe et IIe siècles avant notre ère comportaient des loges parallèles de 40 m de long pour 5 à 6 m de large, couvertes, bâties perpendiculairement au rivage, qui permettaient d’entreposer « au sec » et d’entretenir les vaisseaux de guerre de la flotte massaliète.

Ces découvertes donnent corps à la puissance maritime marseillaise, vaincue par les navires romains lors du siège de César en 49 avant notre ère, et que le géographe Strabon évoquait en ces termes : « Ils ont aussi chez eux des hangars pour les navires de guerre et un arsenal. Mais ils disposaient en outre autrefois, d’une grande quantité de navires ainsi que d’armes et d’engins multiples pour les transports par mer et pour le siège des villes, grâce à quoi ils purent d’une part résister aux barbares, d’autre part se gagner l’amitié des Romains, auxquels ils rendirent d’utiles services dans maintes occasions et aussi les aidèrent à accroître leur puissance. »